10.3 配对检验和干预队列的处理方案

在涉及干预的研究中，常常需要分析同一批受试者在干预前后的组学数据（例如：溃疡性结肠炎患者在益生菌干预前和干预后肠道菌群的比较），并进行配对检验。为了确保配对检验能正常运行，需要在表型数据中将设置样本与受试者的相关信息。

🏷️示例：

Step1: 处理样本相关数据

为了符合配对检验的需求，需要添加primary列的对应的配对信息。

Step2: 配对差异性检验

MAE |> 
  EMP_assay_extract('host_gene',
                    pattern = 'A1BG',pattern_ref = 'feature') |> 
  EMP_filter(sub_group %in% c('A','B')) |>
  EMP_diff_analysis(method = 't.test',
                    paired_group='patient', # Set the paired group
                    estimate_group = 'sub_group')

Step3: 配对检验可视化

MAE |> 
  EMP_assay_extract('host_gene',
                   pattern = 'A1BG',pattern_ref = 'feature') |> 
  EMP_boxplot(method='t.test',
              estimate_group='sub_group',
              paired_group='patient') # Set the paired_group

MAE |> 
  EMP_assay_extract('taxonomy') |> 
  EMP_collapse(estimate_group = 'Species',collapse_by = 'row') |>
  EMP_dimension_analysis(method = 'pcoa',distance = 'bray')|>
  EMP_scatterplot(show='p12html',
                  paired_group='patient',
                  estimate_group = 'sub_group')